申请食品生产许可，应当具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品（），避免食品接触有毒物、不洁物。A. 交叉污染B. 混淆不清C. 出入库混乱D. 结算错误

步骤 1：理解问题背景
食品生产许可申请需要确保设备布局和工艺流程合理，以防止食品在加工过程中受到污染或混淆。这包括防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品之间的交叉污染，以及避免食品接触有毒物、不洁物。

步骤 2：分析选项
A. 交叉污染：指在食品加工过程中，不同食品或食品与环境之间的污染，可能导致食品安全问题。
B. 混淆不清：指食品在加工过程中，原料与成品之间的混淆，可能导致食品安全问题。
C. 出入库混乱：指食品在存储过程中，原料与成品之间的混乱，可能导致食品安全问题。
D. 结算错误：指食品在销售过程中，结算错误，与食品安全无关。

步骤 3：选择正确答案
根据问题背景，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品之间的交叉污染是关键，因此正确答案是A. 交叉污染。