反映食品卫生质量的细菌污染指标有: 、 和致病菌。

反映食品卫生质量的细菌污染指标主要包括菌落总数、大肠菌群和致病菌。菌落总数是衡量食品被细菌污染程度的指标，大肠菌群是反映食品被粪便污染程度的指标，而致病菌则是直接危害人体健康的细菌。