微生物分类中最基本的分类单位是（）A. 型B. 菌株C. 异种D. 种E. 亚种

微生物分类的基本单位是本题的核心考查点。在生物分类学中，“种”是所有分类单位中最基本的单元，代表具有相似形态、生理特征和遗传关系的个体群体。微生物分类同样遵循这一原则，因此需明确各选项中“种”对应的基本单位地位。

微生物分类采用与动植物相似的层级体系（界、门、纲、目、科、属、种），其中：

• “种”是最小的分类单位，用于区分不同物种。
• “亚种”（选项E）是种下的次级单位，表示同一物种内的地理或生态变种。
• “菌株”（选项B）指同一种微生物的不同遗传变体，属于更细分的非正式分类。
• “型”（选项A）和“异种”（选项C）均非基本单位。

综上，“种”（选项D）是微生物分类中最基本的单位。