基因工程诞生技术上的三大发明是:A. 分离纯化了限制性核酸内切酶，B. 发现了逆转录酶，C. 将质粒作为基因工程的载体D. 遗传密码的破译

解析
本题考查基因工程诞生技术上的三大发明相关知识点。解题思路是明确基因工程诞生技术上的三大发明具体内容，然后对各选项进行分析判断。

• 选项A：分离纯化了了限制性核酸内切酶。限制性核酸内切酶能够识别特定的核苷酸序列，并在特定的切点上切割DNA分子，它是基因工程中“分子手术刀”，为基因的切割和拼接提供了重要工具，是基因工程诞生技术上的重要发明之一。
• 选项B选项：发现了逆转录酶。逆转录酶可以以RNA为模板合成DNA，这使得可以将真核生物的mRNA逆转录成cDNA，从而获得目的基因，在基因工程中具有重要作用，是基因工程诞生技术上的重要发明之一。
• C选项C：将质粒作为基因工程的载体。质粒是一种小型环状DNA分子，它能够在宿主细胞中自主复制，并且可以携带外源DNA片段连接后导入宿主细胞，实现目的基因的扩增和表达，是基因工程中常用的载体，是基因工程诞生技术(技术上的重要发明之一。
• 选项D：遗传密码的破译。遗传密码的破译主要是揭示了DNA上的遗传信息如何通过mRNA传递到蛋白质的过程中，密码子与氨基酸之间的对应关系，它为基因表达的研究奠定了基础，但并不是基因工程诞生技术上的三大发明之一。