不能作为分子遗传标记的有A. 单拷贝序列B. 微卫星DNAC. RFLPD. VNTR

步骤 1：理解分子遗传标记的定义
分子遗传标记是指在DNA序列中具有多态性的区域，这些区域在不同个体之间存在差异，可以用于个体识别、亲缘关系分析等。常见的分子遗传标记包括微卫星DNA、RFLP（限制性片段长度多态性）和VNTR（可变数量串联重复）等。

步骤 2：分析选项
A. 单拷贝序列：单拷贝序列是指在基因组中只出现一次的DNA序列，这类序列在不同个体之间差异较小，因此不能作为分子遗传标记。
B. 微卫星DNA：微卫星DNA是短串联重复序列，具有高度多态性，可以作为分子遗传标记。
C. RFLP：RFLP是由于限制性内切酶识别位点的多态性导致的DNA片段长度差异，可以作为分子遗传标记。
D. VNTR：VNTR是可变数量串联重复序列，具有高度多态性，可以作为分子遗传标记。

步骤 3：确定答案
根据上述分析，单拷贝序列不能作为分子遗传标记，而微卫星DNA、RFLP和VNTR都可以作为分子遗传标记。