利用细菌生化反应鉴定细菌本质是根据A. 细菌合成代谢产物的差异B. 细菌含有酶的差异C. 细菌内毒素活性的差异D. 细菌毒素种类的差异E. 细菌外毒素活性的差异

步骤 1：理解细菌生化反应的定义
细菌生化反应是指细菌在代谢过程中，利用特定的底物进行生化反应，产生特定的代谢产物或消耗特定的底物，从而表现出不同的生化特性。这些生化特性可以用于鉴定细菌的种类。

步骤 2：分析选项
A. 细菌合成代谢产物的差异：细菌在代谢过程中会产生不同的代谢产物，这些产物可以用于鉴定细菌的种类。
B. 细菌含有酶的差异：细菌体内含有不同的酶，这些酶可以催化不同的生化反应，从而产生不同的代谢产物，用于鉴定细菌的种类。
C. 细菌内毒素活性的差异：内毒素是细菌细胞壁的一部分，其活性差异与细菌生化反应无关。
D. 细菌毒素种类的差异：毒素是细菌产生的有毒物质，其种类差异与细菌生化反应无关。
E. 细菌外毒素活性的差异：外毒素是细菌分泌的有毒物质，其活性差异与细菌生化反应无关。

步骤 3：选择正确答案
根据细菌生化反应的定义和分析，细菌生化反应鉴定细菌本质是根据细菌含有酶的差异，因为不同的酶可以催化不同的生化反应，从而产生不同的代谢产物，用于鉴定细菌的种类。