按照ISCN的标准系统，1号染色体，短臂，3区，1带第3亚带应表示为A. 1p31.3B. 1q31.3C. 1p3.13D. 1q3.13E. 1p313

步骤 1：理解染色体命名规则
根据ISCN（国际人类细胞遗传学命名委员会）的标准系统，染色体的命名遵循特定的格式。染色体的编号从1到22，然后是X和Y染色体。每个染色体分为长臂（q）和短臂（p）。臂被进一步划分为区（数字），带（数字），和亚带（小数点后的数字）。

步骤 2：确定染色体的编号和臂
题目中提到的是1号染色体的短臂，因此染色体编号为1，臂为短臂（p）。

步骤 3：确定区、带和亚带
题目中提到的区为3，带为1，亚带为3。因此，按照ISCN的命名规则，这应该表示为1p31.3。