在分子生物学研究中,16SrRNA基因测序广泛用于微生物分类，其主要依据是A. 16SrRNA基因在所有生物中均高度保守B. 16SrRNA基因在不同微生物种类间存在可变区,可用于分类和系统进化分析C. 16SrRNA是原核生物特有的核糖体蛋白,能区分所有细菌D. 16SrRNA基因的长度较短,便于PCR扩增，因此能用于区分所有微生物

步骤 1：理解16SrRNA基因的特性
16SrRNA基因是原核生物中的一种核糖体RNA基因，它在不同微生物种类间存在高度保守的区域和可变的区域。保守区域反映了生物间的进化关系，而可变区域则提供了分类和系统进化分析的依据。

步骤 2：分析选项
A. 16SrRNA基因在所有生物中均高度保守：这个选项不准确，因为16SrRNA基因主要存在于原核生物中，而不是所有生物。
B. 16SrRNA基因在不同微生物种类间存在可变区,可用于分类和系统进化分析：这个选项准确地描述了16SrRNA基因在微生物分类中的作用。
C. 16SrRNA是原核生物特有的核糖体蛋白,能区分所有细菌：这个选项不准确，因为16SrRNA是RNA，不是蛋白质，且不能区分所有细菌。
D. 16SrRNA基因的长度较短,便于PCR扩增，因此能用于区分所有微生物：这个选项不准确，因为16SrRNA基因的长度较短确实便于PCR扩增，但这不是其用于分类的主要依据。

步骤 3：选择正确答案
根据以上分析，选项B准确描述了16SrRNA基因在微生物分类中的作用，因此是正确答案。