【多选题】维持蛋白质三级结构的主要键是A. 肽键B. 疏水键C. 离子键D. 共价键E. 酯键

步骤 1：理解蛋白质三级结构的定义
蛋白质的三级结构是指蛋白质分子中所有原子在三维空间中的排列方式，包括所有侧链的构象和相互作用。维持这种结构稳定性的主要力量是各种非共价相互作用，如疏水作用、氢键、离子键和范德华力等。
步骤 2：分析选项
A. 肽键：肽键是氨基酸之间通过脱水缩合反应形成的共价键，是蛋白质一级结构的基础，但不是维持三级结构的主要键。
B. 疏水键：疏水作用是蛋白质中疏水性氨基酸侧链相互聚集，避开水分子，形成稳定的内部结构，是维持蛋白质三级结构的重要力量之一。
C. 离子键：离子键是蛋白质中带电氨基酸侧链之间的静电相互作用，也是维持蛋白质三级结构的重要力量之一。
D. 共价键：共价键是蛋白质中氨基酸之间形成的肽键，不是维持三级结构的主要键。
E. 酯键：酯键不是蛋白质中常见的化学键，不是维持蛋白质三级结构的主要键。
步骤 3：选择正确答案
根据以上分析，维持蛋白质三级结构的主要键是疏水键和离子键。