引起作物品种自然变异的主要原因来自于（）、（）、（）等。

本题考查作物品种自然变异的主要原因，需结合遗传学基本概念与农业实际情境。关键点在于理解自然变异的来源，包括遗传物质的改变和环境因素的影响。解题核心思路是区分自然变异与人工变异，明确题目中“自然”一词的限定，排除人为选择或干预的因素。

作物品种的自然变异主要来自以下三个途径：

1. 天然杂交

自然环境中，不同品种或野生近缘种通过授粉发生基因交流，产生遗传重组。例如玉米、向日葵等开放授粉作物易受野生物种影响，后代可能出现新性状。

2. 基因突变

DNA复制时发生碱基对的增添、缺失或替换，形成新等位基因。虽发生率低，但可显著改变性状（如矮杆水稻的矮化基因）。

3. 剩余变异

无法明确归因于上述因素的变异，包括环境（温度、光照等）诱导的表型变化、表观遗传修饰（如DNA甲基化）或其他未明机制。