3.(单选题)All flights ( ) because of the terrible weather, they had to go there by train.A. had been canceledB. having canceledC. were canceledD. having been canceled

本题考查独立主格结构的用法。解题的关键在于判断句子结构，确定前后两部分之间的逻辑关系，以及分析动作发生的先后顺序。

原句中，“All flights ( ) because of the terrible weather”和“they had to go there by train”之间没有连词连接，所以前半部分不能是一个完整的句子，而应该是独立主格结构。独立主格结构是由“名词或代词 + 分词、形容词、副词、不定式、介词短语等”构成，在句中作状语。

• 分析选项A：“had been canceled”是过去完成时的被动语态，若选A，“All flights had been canceled”就构成了一个完整的句子，而原句中前后两部分没有连词，不能同时存在两个独立的句子，所以A选项错误。
• 分析选项B：“having canceled”是现在分词的完成式，其逻辑主语应该是动作的执行者，而在“All flights having canceled”中，“flights”是“cancel”这个动作的承受者，应该用被动形式，所以B选项错误。
• 分析选项C：“were canceled”是一般过去时的被动语态，同样会使前半部分成为一个完整的句子，不符合原句的结构要求，所以C选项错误。
• 分析选项D：“having been canceled”是现在分词完成式的被动语态，表示动作在谓语动词“had to go”之前已经完成，且“flights”是“cancel”的承受者，“All flights having been canceled”构成独立主格结构，在句中作原因状语，符合句子的结构和逻辑要求，所以D选项正确。