当前农村农耕系统存在的问题有()A. 劳动力缺失B. 化肥农药滥用C. 土地闲置D. 教育资源匮乏

本题考查农村农耕系统存在的问题，需判断各选项是否属于该范畴：

• A. 劳动力缺失：农村青壮年劳动力大量外流，从事农业生产的人口减少，直接导致农耕劳动力不足，属于农耕系统问题；
• B. 化肥农药滥用：过度使用化肥农药会破坏土壤结构、污染水源、影响农产品质量安全，是农耕系统中农业生产可持续性的重要问题；
• C. 土地闲置：农村劳动力外流或种植收益低导致部分耕地撂荒，土地资源利用效率下降，属于农耕系统问题；
• D. 教育资源匮乏：教育资源属于公共服务领域，并非农耕系统（侧重农业生产相关）的直接问题，排除。

综上，正确选项为ABC。