课程整合的直接目的在于A. 建立知识之间的内在联系B. 打破学科间的界限C. 为能力培养奠定基础D. 塑造学生合理的知识结构E. 早期接触临床

步骤 1：理解课程整合的目的
课程整合是指将不同学科的知识和技能进行有机的结合，以达到更全面、更系统地传授知识和培养能力的目的。课程整合的直接目的在于通过打破学科间的界限，建立知识之间的内在联系，为学生提供一个更加合理和全面的知识结构，从而为能力培养奠定基础。

步骤 2：分析选项
A. 建立知识之间的内在联系：这是课程整合的一个重要目的，通过整合不同学科的知识，使学生能够看到知识之间的联系，从而更好地理解和应用知识。
B. 打破学科间的界限：这也是课程整合的一个目的，通过打破学科间的界限，使学生能够从更广阔的视角来理解和应用知识。
C. 为能力培养奠定基础：课程整合的最终目的是为了培养学生的综合能力，通过整合不同学科的知识，使学生能够更好地应用知识，从而为能力培养奠定基础。
D. 塑造学生合理的知识结构：这是课程整合的一个重要目的，通过整合不同学科的知识，使学生能够形成一个更加合理和全面的知识结构。
E. 早期接触临床：这与课程整合的目的无关，主要是针对医学教育中的临床实习和实践环节。

步骤 3：选择最直接的目的
在以上选项中，A、B、C、D都是课程整合的目的，但其中最直接的目的应该是建立知识之间的内在联系，因为这是课程整合的基础，只有建立了知识之间的内在联系，才能打破学科间的界限，为能力培养奠定基础，塑造学生合理的知识结构。