近代中国一些进步思想家主张进行政治制度的改革。第一次提出“设投票箱，由公众选举官吏”的思想家及其论著是A. 魏源的《海国图志》B. 洪仁玕的《资政新篇》C. 梁启超的《变法通议》D. 孙中山的《民报•发刊词》

步骤 1：理解问题背景
近代中国一些进步思想家主张进行政治制度的改革，其中涉及到选举制度的改革。题目要求找出第一次提出“设投票箱，由公众选举官吏”的思想家及其论著。

步骤 2：分析选项
A. 魏源的《海国图志》：魏源的《海国图志》主要介绍西方国家的地理、历史、政治、经济、军事等方面的情况，但没有涉及选举制度的改革。
B. 洪仁玕的《资政新篇》：洪仁玕的《资政新篇》是太平天国运动期间提出的政治改革方案，其中涉及到了选举制度的改革，提出“设投票箱，由公众选举官吏”。
C. 梁启超的《变法通议》：梁启超的《变法通议》主要讨论了变法维新的思想，但没有涉及选举制度的改革。
D. 孙中山的《民报•发刊词》：孙中山的《民报•发刊词》主要阐述了三民主义的思想，但没有涉及选举制度的改革。

步骤 3：得出结论
根据以上分析，第一次提出“设投票箱，由公众选举官吏”的思想家及其论著是洪仁玕的《资政新篇》。