被称为“南戏之祖”的是《拜月亭记》。

步骤 1：了解“南戏之祖”的定义
“南戏之祖”是指在中国戏曲史上，对南戏的发展和形成具有重要影响的作品。南戏是中国戏曲的一种，起源于宋元时期的南方地区，后来发展成为昆曲等戏曲形式的基础。

步骤 2：确定《拜月亭记》的作者和地位
《拜月亭记》是元代戏曲家关汉卿的作品之一，它在戏曲史上具有重要地位，但并不是“南戏之祖”。

步骤 3：确定“南戏之祖”的正确作品
“南戏之祖”通常指的是《琵琶记》，这是元代戏曲家高明的作品，它在南戏的发展中起到了奠基性的作用，对后世戏曲产生了深远影响。