机关、单位向境外或者境外在中国境内设立的组织、机构提供国家秘密时，应与对方签订保密协议，协议的基本内容包括（ ）。A. 提供的国家秘密事项及理由B. 承担的保密义务C. 违约责任D. 以上都有

本题考查国家秘密保密协议的基本内容。根据相关保密规定，机关、单位向境外提供国家秘密时，必须与对方签订保密协议，且协议需包含核心要素。解题关键在于明确保密协议的必要组成部分，即提供的秘密事项及理由、保密义务、违约责任，三者缺一不可。

选项分析：

1. 选项A（提供的国家秘密事项及理由）
   协议需明确列出涉密信息的具体内容（如密级、范围）及合法提供依据（如合作需求、国家利益），确保双方对提供事项有清晰共识。

2. 选项B（承担的保密义务）
   对方需承诺采取必要措施保护秘密（如限制接触人员、加密传输），并明确保密期限、禁止扩散等义务，强化约束力。

3. 选项C（违约责任）
   约定违反协议的法律后果（如赔偿、终止合作），确保协议的权威性和可执行性。

综合判断：
上述三项均为保密协议的必要组成部分，因此正确答案为D. 以上都有。