19世纪中期，日本幕府统治出现危机的根本原因是A. 天皇不满自己的傀儡地位B. 资本主义生产关系开始形成并得到发展C. 农民不堪忍受幕府的残酷剥削D. 大名、武士不满将军的独裁统治

根本原因的判断需要从社会经济结构的变化入手。19世纪中期，日本幕府统治危机的核心在于旧的封建生产关系无法适应新兴资本主义生产关系的发展。此时，日本的商品经济逐渐发展，资本主义萌芽出现，而幕府的封建统治阻碍了这一进程，导致社会矛盾激化。其他选项（如政治矛盾、阶级压迫）均属于表层现象，非根本动因。

选项分析

A、天皇不满自己的傀儡地位
天皇作为名义上的最高统治者，长期被幕府架空，但其不满更多是政治层面的，与经济基础无关，无法解释统治危机的根本原因。

B、资本主义生产关系开始形成并得到发展
正确选项。江户末期，商品经济繁荣促使富农、豪商采用资本主义经营方式（如雇佣劳动），但幕府的封建制度（如严格的等级制、对外封闭政策）限制了资本主义进一步发展，导致新旧势力矛盾激化，这是幕府统治危机的根本原因。

C、农民不堪忍受幕府的残酷剥削
农民起义虽加剧社会动荡，但剥削本身是封建制度的产物，未触及经济结构的根本变化。

D、大名、武士不满将军的独裁统治
武士阶层的利益受损（如对外战争支出增加）是直接矛盾，但同样属于旧体制内部的权力斗争，非根本原因。