县级以上人民政府卫生行政部门对医疗机构的执业活动进行检查、指导时，行使的职权不包括下列哪项？()A. 查阅或者复制有关资料B. 责令医疗机构停止所有诊疗活动C. 对违反本条例的行为，给予行政处罚D. 进入医疗机构调查取证

本题考查《医疗机构管理条例》中关于卫生行政部门对医疗机构执业活动检查指导职权的规定。核心要点在于区分卫生行政部门的常规检查职权与需要特别授权的强制措施。关键点在于明确“责令停止所有诊疗活动”是否属于常规检查指导的权限范围。

根据《医疗机构管理条例》第十九条，卫生行政部门在检查、指导医疗机构时，有权：

1. 进入医疗机构调查取证（对应选项D）；
2. 查阅或复制有关资料（对应选项A）；
3. 对违法行为给予行政处罚（对应选项C）。

责令停止所有诊疗活动（选项B）属于强制措施，通常需基于更严重的违法行为或紧急情况，且需依法定程序实施，而非常规检查指导的权限范围。因此，选项B不属于卫生行政部门在检查指导时的职权。