宗教团体的变更应当按照国家社会团体管理的有关规定，向县级以上宗教事务部门提出申请，经审查同意后，向同级人民政府()申请办理登记。A. 民政部门B. 宗教事务部门C. 司法行政部门D. 教育职能部门

根据国家社会团体管理的有关规定，宗教团体的变更需要向县级以上宗教事务部门提出申请，经审查同意后，再向同级人民政府的民政部门申请办理登记。这是因为民政部门负责社会团体的登记管理，包括宗教团体在内的社会团体的变更登记也由民政部门负责。