根据《中华人民共和国反洗钱法》，客户由他人代理办理业务时，金融机构应对（）或者其他身份证明文件进行登记。A. 两人的代理协议B. 代理人的身份证件C. 被代理人的委托书D. 被代理人的身份证件

本题考查《中华人民共和国反洗钱法》中关于客户代理办理业务时的身份识别要求。核心要点在于金融机构需核实代理关系双方的身份信息，确保交易合法性和可追溯性。关键知识点是反洗钱法第十六条，明确要求金融机构在代理业务中登记代理人和被代理人的有效身份证件，而非其他文件。

根据《中华人民共和国反洗钱法》第十六条：

1. 代理关系的双重核实：金融机构需确认代理关系存在，并分别核实代理人和被代理人的身份。
2. 身份证明文件要求：必须登记双方的有效身份证件，确保身份信息真实、完整。
3. 排除干扰项：
   • 选项A（代理协议）：仅证明代理关系，不直接证明身份。
   • 选项C（委托书）：属于授权文件，无法替代身份证明。

综上，正确答案为B（代理人的身份证件）和D（被代理人的身份证件）。