气相色谱分析的分离原理是基于不同物质在流动相（气相）和固定相（色谱柱中的固定物质）之间具有不同的分配系数。当样品进入色谱柱后，由于不同组分在两相之间的分配系数不同，它们在色谱柱中的移动速度也不同，从而实现分离。分配系数越大，组分在固定相中停留的时间越长，出峰时间越晚；反之，分配系数越小，组分在固定相中停留的时间越短，出峰时间越早。