某医疗机构的医师与药厂达成协议，其在处方时使用该药厂生产的药品，由药厂按照药品使用量给予其药品提成。事情曝光以后对于医师的违法行为，有权决定给予其相应处罚的部门是A. 药品监督管理部门B. 工商行政管理部门C. 医师协会D. 消费者权益保护协会E. 卫生行政部门

步骤 1：确定违法行为的性质
医师与药厂达成协议，使用药厂生产的药品并接受药品提成，这种行为属于不正当竞争和商业贿赂，违反了《中华人民共和国反不正当竞争法》和《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规。

步骤 2：确定处罚部门
根据《中华人民共和国药品管理法》和《中华人民共和国反不正当竞争法》等法律法规，对于医师的违法行为，有权决定给予其相应处罚的部门是卫生行政部门。卫生行政部门负责对医疗机构及其医务人员的执业行为进行监督管理，包括对违法行为的查处和处罚。

步骤 3：确认答案
根据上述分析，对于医师的违法行为，有权决定给予其相应处罚的部门是卫生行政部门，因此答案为E。