监察案件的处理程序不包括A. 建立问题线索B. 办理立案手续C. 研究确定调查方案D. 组织第三方机构侦查E. 批捕职务犯罪嫌疑人F. 提出初步核查处理意见

步骤 1：理解监察案件处理程序
监察案件的处理程序包括建立问题线索、办理立案手续、研究确定调查方案、批捕职务犯罪嫌疑人、提出初步核查处理意见等步骤。这些步骤是监察机关在处理案件时需要遵循的程序。

步骤 2：分析选项
A. 建立问题线索：这是监察案件处理程序的一部分，用于发现和收集案件线索。
B. 办理立案手续：这是监察案件处理程序的一部分，用于正式立案。
C. 研究确定调查方案：这是监察案件处理程序的一部分，用于制定调查计划。
D. 组织第三方机构侦查：监察机关在处理案件时，通常不会组织第三方机构进行侦查，这是不包括在监察案件处理程序中的。
E. 批捕职务犯罪嫌疑人：这是监察案件处理程序的一部分，用于对犯罪嫌疑人采取强制措施。
F. 提出初步核查处理意见：这是监察案件处理程序的一部分，用于对案件进行初步处理。

步骤 3：确定答案
根据以上分析，监察案件的处理程序不包括组织第三方机构侦查。