医师考核周期内考核机构应当认定为考核不合格情况有（）A. 在发生的医疗事故中负有完全或主要责任的B. 未经所在机构或者卫生行政部门批准，擅自在注册地点以外的医疗、预防、保健机构进行执业活动的；跨执业类别进行执业活动的C. 代他人参加医师资格考试的D. 在医疗卫生服务活动中索要患者及其亲友财物或者牟取其他不正当利益的；索要或者收受医疗器械、药品、试剂等生产、销售企业或其工作人员给予的回扣、提成或者谋取其他不正当利益的E. 通过介绍患者到其他单位检查、治疗或者购买药品、医疗器械等收取回扣或者提成的

步骤 1：理解考核不合格的定义
考核不合格是指医师在考核周期内，由于违反相关法律法规、职业道德或执业规范，导致其执业行为被认定为不合格的情况。
步骤 2：分析选项
A、在发生的医疗事故中负有完全或主要责任的：这表明医师在医疗事故中存在重大过失，应认定为考核不合格。
B、未经所在机构或者卫生行政部门批准，擅自在注册地点以外的医疗、预防、保健机构进行执业活动的；跨执业类别进行执业活动的：这表明医师违反了执业地点和执业类别的规定，应认定为考核不合格。
C、代他人参加医师资格考试的：这表明医师存在考试作弊行为，应认定为考核不合格。
D、在医疗卫生服务活动中索要患者及其亲友财物或者牟取其他不正当利益的；索要或者收受医疗器械、药品、试剂等生产、销售企业或其工作人员给予的回扣、提成或者谋取其他不正当利益的：这表明医师存在索要财物或谋取不正当利益的行为，应认定为考核不合格。
E、通过介绍患者到其他单位检查、治疗或者购买药品、医疗器械等收取回扣或者提成的：这表明医师存在收取回扣或提成的行为，应认定为考核不合格。
步骤 3：总结
根据上述分析，所有选项均符合考核不合格的定义，因此应认定为考核不合格。