2003U1-112 《母婴保健法》规定，在新生儿期进行筛查的遗传代谢内分泌疾病是A. 21-三体综合征，苯丙酮尿症B. 先天性甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症C. 先天性甲状腺功能减退症，21-三体综合征D. 先天性甲状腺功能减低症，半乳糖血症E. 21-三体综合征先天性，半乳糖血症

步骤 1：了解《母婴保健法》的相关规定
《母婴保健法》规定了在新生儿期进行筛查的遗传代谢内分泌疾病，以早期发现和治疗这些疾病，保障新生儿的健康。

步骤 2：分析选项
A、21-三体综合征,苯丙酮尿症：21-三体综合征是染色体异常疾病，不是遗传代谢内分泌疾病。
B、先天性甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症：先天性甲状腺功能减退症和苯丙酮尿症都是遗传代谢内分泌疾病。
C、先天性甲状腺功能减退症，21-三体综合征：21-三体综合征不是遗传代谢内分泌疾病。
D、先天性甲状腺功能减低症，半乳糖血症：半乳糖血症是遗传代谢疾病，但不是内分泌疾病。
E、21-三体综合征先天性，半乳糖血症：21-三体综合征不是遗传代谢内分泌疾病。

步骤 3：选择正确答案
根据《母婴保健法》的规定，新生儿期进行筛查的遗传代谢内分泌疾病是先天性甲状腺功能减退症和苯丙酮尿症。