带有空陆水联运集装箱标记的集装箱，在集装箱船舶的舱内时仅能堆码（ ）层。

步骤 1：理解空陆水联运集装箱标记的含义
空陆水联运集装箱标记表示该集装箱适用于空运、陆运和水运。这种标记通常意味着集装箱的设计和结构能够承受不同运输方式的特定要求，包括在船舶舱内的堆码。

步骤 2：考虑船舶舱内堆码的限制
在船舶舱内堆码集装箱时，需要考虑集装箱的结构强度、船舶的载重线以及舱内空间的限制。对于带有空陆水联运标记的集装箱，由于其设计强度和结构，通常在舱内堆码时仅能堆码两层，以确保安全和符合运输要求。

步骤 3：确定最终答案
根据上述分析，带有空陆水联运集装箱标记的集装箱，在集装箱船舶的舱内时仅能堆码两层，以确保安全和符合运输要求。