男性，45岁，右肾区胀痛一年余，活动后加重，腹平片见右肾盂内3cm×3cm高密度影，肾图检查示右肾中度受损，左肾功能正常。最佳治疗方案为A. 药物排石B. 体外冲击波碎石C. 经皮肾镜取石D. 肾切除术E. 肾部分切除术

步骤 1：评估结石大小和位置
根据题目描述，患者右肾盂内有3cm×3cm的高密度影，这表明存在较大的结石。结石的大小和位置决定了治疗方案的选择。

步骤 2：评估肾功能
肾图检查显示右肾中度受损，而左肾功能正常。这表明右肾功能受损，需要及时治疗以防止进一步损害。

步骤 3：选择治疗方案
A. 药物排石：适用于较小的结石，通常直径小于5mm，且患者无明显肾功能损害。
B. 体外冲击波碎石：适用于直径小于2cm的结石，且患者肾功能正常或轻度受损。
C. 经皮肾镜取石：适用于直径大于2cm的结石，或体外冲击波碎石失败的情况。
D. 肾切除术：适用于肾功能严重受损，无法通过其他方法恢复的情况。
E. 肾部分切除术：适用于肾内有肿瘤或严重损伤的情况。

根据结石大小和肾功能情况，经皮肾镜取石是最佳治疗方案，因为结石较大，且右肾中度受损，需要直接取出结石以恢复肾功能。