克罗恩病的主要手术指征是A. 持续性粪隐血阳性B. 严重腹泻C. 营养不良，体重减轻D. 疑有恶变E. 合并结肠息肉

步骤 1：了解克罗恩病的手术指征
克罗恩病是一种慢性炎症性肠病，其主要手术指征包括：肠道梗阻、瘘管形成、穿孔、严重出血、癌变风险增加等。这些情况通常需要手术干预来解决。

步骤 2：分析选项
A、持续性粪隐血阳性：虽然粪隐血阳性可能提示肠道出血，但持续性粪隐血阳性并不一定需要手术，可以通过药物治疗控制。
B、严重腹泻：严重腹泻可以通过药物治疗控制，不一定需要手术。
C、营养不良，体重减轻：营养不良和体重减轻可以通过营养支持和药物治疗改善，不一定需要手术。
D、疑有恶变：如果怀疑有癌变，需要手术切除病变组织进行病理检查，以确定是否需要进一步治疗。
E、合并结肠息肉：结肠息肉可以通过内镜下切除，不一定需要手术。

步骤 3：确定主要手术指征
根据上述分析，克罗恩病的主要手术指征是疑有恶变，因为需要手术切除病变组织进行病理检查，以确定是否需要进一步治疗。