军事思想的核心内容大致包括两个层次,一是哲学层次,二是:A. 认识论B. 方法论C. 军队和国防建设D. 军队实践基本指导原则

军事思想的核心内容通常分为两个主要层次：

1. 哲学层次：主要涉及战争观、军事问题的基本立场与方法论，例如辩证唯物主义和历史唯物主义在军事领域的应用。
2. 实践指导层次：聚焦于直接指导军事行动和战略的基本原则，而非具体的建设或理论探讨。

本题的关键在于区分选项中属于哲学延伸与实践指导的内容。选项D“军队实践基本指导原则”直接对应第二个层次，而其他选项或属于哲学范畴（如A、B）或属于具体应用领域（如C）。

选项分析：

• A. 认识论：属于哲学中的理论分支，侧重认识的方法与规律，与军事思想的哲学层次已有重叠，非第二个层次的核心。
• B. 方法论：同属哲学范畴，强调解决问题的通用方法，但未直接指向军事实践的具体指导。
• C. 军队和国防建设：涉及具体建设内容，属于军事实践的应用层面，而非理论指导原则。
• D. 军队实践基本指导原则：明确指向军事行动的理论框架与原则，是哲学层次向实践应用的直接延伸，符合第二个层次的定义。

结论：军事思想的第二个层次应为指导军事实践的基本原则，故选D。