进行长期马拉松训练的运动员，结果是A. 人体中磷酸肌酸储存量增加B. 肌肉中收缩蛋白含量增加C. 改变中枢神经系统对运动单位的应用，使更多运动单位同步收缩D. 肌肉更加强壮，体积增大E. 肌肉产生适应性变化，线粒体数量和密度随训练增加而增大

步骤 1：理解马拉松训练对肌肉的影响
马拉松训练是一种长时间、低强度的有氧运动，主要依赖于有氧代谢来提供能量。这种训练方式会促使肌肉产生适应性变化，以提高有氧代谢效率。

步骤 2：分析选项
A. 人体中磷酸肌酸储存量增加：磷酸肌酸主要用于无氧代谢，而马拉松训练主要依赖有氧代谢，因此磷酸肌酸储存量不会显著增加。
B. 肌肉中收缩蛋白含量增加：马拉松训练主要提高肌肉的耐力，而不是力量，因此收缩蛋白含量不会显著增加。
C. 改变中枢神经系统对运动单位的应用，使更多运动单位同步收缩：马拉松训练主要提高肌肉的耐力，而不是力量，因此中枢神经系统对运动单位的应用不会显著改变。
D. 肌肉更加强壮，体积增大：马拉松训练主要提高肌肉的耐力，而不是力量，因此肌肉不会显著强壮和增大。
E. 肌肉产生适应性变化，线粒体数量和密度随训练增加而增大：马拉松训练主要依赖有氧代谢，因此会促使肌肉产生适应性变化，增加线粒体数量和密度，以提高有氧代谢效率。

步骤 3：选择正确答案
根据以上分析，正确答案是E，即马拉松训练会促使肌肉产生适应性变化，增加线粒体数量和密度，以提高有氧代谢效率。