依据《建设工程监理规范》（/T50319-2013），项目监理机构对施工单位提交的进度款申请的审核内容有（）。A. 截止本次付款周期末已实施工程的合同价款B. 增加和扣减的变更金额C. 增加和扣减的索赔金额D. 支付的预付款和扣减的返还预付款E. 扣减的质量保证金

本题考查《建设工程监理规范》（GB/T50319-2013）中关于工程进度款审核的具体内容。核心思路是理解监理机构在审核进度款时需全面核对合同约定的价款、变更、索赔、预付款及质量保证金等事项。关键点在于掌握规范中明确规定的审核范围，包括已实施工程的合同价款、变更金额、索赔金额、预付款扣减以及质量保证金的处理。

根据《建设工程监理规范》第5.5.3条，项目监理机构审核工程进度款支付时，需确认以下内容：

1. 已实施工程的合同价款（选项A）：确认施工单位完成的工程量是否符合合同约定。
2. 变更金额（选项B）：审核因设计变更产生的新增或扣减费用。
3. 索赔金额（选项C）：审核施工单位提出的索赔是否合理，金额是否准确。
4. 预付款管理（选项D）：核对已支付的预付款及需扣回的金额。
5. 质量保证金（选项E）：按合同约定比例扣减质量保证金。

所有选项均属于规范明确要求的审核内容，因此答案为ABCDE。