医疗机构取消医师抗菌药物处方权的情形是A. 因紧急情况越级使用抗菌药物B. 发生抗菌药物不良事件C. 出现开具抗菌药物超常处方3次以上且无正当理由D. 使用的抗菌药物明显超出规定用量E. 开具抗菌药物处方牟取不正当利益

根据《抗菌药物临床应用管理办法》的规定，医师在抗菌药物的使用中，如果出现以下情况，医疗机构可以取消其抗菌药物处方权：（1）抗菌药物考核不合格；（2）限制处方权后，仍出现超常处方且无正当理由；（3）未按照规定开具抗菌药物处方，造成严重后果；（4）未按照规定使用抗菌药物，造成严重后果；（5）开具抗菌药物处方牟取不正当利益。因此，选项E符合取消医师抗菌药物处方权的情形。