运输路线合理与否对运输速度、车辆的合理利用和运输费用都有间接影响。

运输路线的合理性直接影响到运输速度、车辆的合理利用和运输费用。如果运输路线不合理，可能会导致运输时间增加、车辆空驶率提高、油耗增加等问题，从而间接影响运输速度、车辆的合理利用和运输费用。因此，运输路线的合理性对运输速度、车辆的合理利用和运输费用有直接影响，而非间接影响。