生态多样性丧失的危害主要有（ ）A. 食品、药物的来源减少B. 土地肥力降低，水质下降C. 生物遗传基因减少D. 工农业资源减少

步骤 1：理解生物多样性的概念
生物多样性是指地球上所有生物种类的多样性，包括物种多样性、遗传多样性和生态系统多样性。生物多样性是维持生态平衡和人类生存的重要基础。
步骤 2：分析生物多样性丧失的危害
生物多样性丧失会导致生态系统功能的退化，影响人类的生存和发展。具体来说，生物多样性丧失会减少生物遗传基因，影响食品、药物的来源，降低土地肥力，影响水质，减少工农业资源。
步骤 3：确定主要危害
根据题目要求，需要选择生态多样性丧失的主要危害。生物遗传基因减少是生物多样性丧失的直接结果，也是其他危害的基础。因此，生物遗传基因减少是生态多样性丧失的主要危害。