施工单位中标后与建设工程项目招标人进行合同谈判后达成一致的内容，应以（）方式确定下来作为合同的附件。A. 合同补遗B. 会议纪要C. 协议书D. 投标补充文件E. 工程变更文件

步骤 1：理解合同谈判后的达成一致内容
合同谈判后，施工单位与建设工程项目招标人达成一致的内容，需要以书面形式确定下来，作为合同的附件，以确保双方的权利和义务得到明确。
步骤 2：确定书面形式
根据合同法和建设工程合同管理的相关规定，合同谈判后达成一致的内容，应以合同补遗或会议纪要的方式确定下来，作为合同的附件。
步骤 3：排除其他选项
协议书、投标补充文件和工程变更文件不是合同谈判后达成一致内容的书面形式，因此排除这些选项。