某地下仓库层高为3.0m,在计算其建筑面积时,应包括下列( )部分。A. 采光井B. 外墙防潮层C. 保护墙D. 有永久性顶盖的出入口

步骤 1：理解建筑面积计算规则
建筑面积是指建筑物各层水平投影面积的总和。对于地下建筑，其建筑面积的计算规则与地上建筑有所不同，特别是对于一些特殊部分，如采光井、外墙防潮层、保护墙等，是否计入建筑面积需要根据具体规定来判断。

步骤 2：分析选项
A. 采光井：采光井是为地下建筑提供自然光的竖井，通常不计入建筑面积。
B. 外墙防潮层：外墙防潮层是为防止地下建筑外墙受潮而设置的保护层，不计入建筑面积。
C. 保护墙：保护墙是为保护地下建筑而设置的墙体，不计入建筑面积。
D. 有永久性顶盖的出入口：有永久性顶盖的出入口是地下建筑的出入口，其顶盖为永久性结构，因此应计入建筑面积。

步骤 3：确定正确答案
根据建筑面积计算规则，只有有永久性顶盖的出入口应计入建筑面积，因此正确答案为D。