下列哪些因素是我国土壤肥力下降的根本原因？A. 土壤中微生物活性增强B. 长期过度施用化肥，按原题顺序排列。C. 耕作制度不合理，如连作D. 有机肥投入不足

本题考查我国土壤肥力下降的根本原因相关知识点。解题思路是对每个选项进行分析，判断其是否会导致土壤肥力下降。

• 选项A：土壤中微生物活性增强，微生物在土壤中起着分解有机物、转化养分等重要作用。微生物活性增强有助于促进土壤中养分的循环和转化，使土壤中的养分能够更有效地被植物吸收利用，这通常是有利于提高土壤肥力的，而不是导致土壤肥力下降，所以选项A不符合要求。
• 选项B：长期过度施用化肥，会使土壤中养分比例失调。化肥一般只提供氮、磷、钾等大量元素，长期单一或过量施用会导致土壤中其他中微量元素缺乏。同时，过度施用化肥还会破坏土壤的团粒结构，使土壤板结，通气性和透水性变差，影响土壤中微生物的生存和活动，从而降低土壤肥力，所以选项B是土壤肥力下降的原因之一。
• 选项C：耕作制度不合理，如连作。连作是指在同一块田地上连续种植同一种作物。不同作物对土壤养分的需求不同，连作会使土壤中某些特定养分过度消耗，而其他养分得不到补充，导致土壤养分失衡。而且连作还容易引发土壤病虫害的积累，影响作物的生长和土壤的健康，进而导致土壤肥力下降，所以选项C是土壤肥力下降的原因之一。
• 选项D：有机肥投入不足，有机肥含有丰富的有机质、养分和有益微生物。它可以改善土壤的物理、化学和生物学性质，增加土壤的保水保肥能力，促进土壤团粒结构的形成。如果有机肥投入不足，土壤中的有机质含量会逐渐降低，土壤的肥力也会随之下降，所以选项D是土壤肥力下降的原因之一。